Mặc dù các văn bản hiện hành đã mở ra nhiều phương thức thanh toán chi phí khác nhau, nhưng trong thực tế phương thức thanh toán theo phí dịch vụ (fee for-service) có trần giới hạn đang phổ biến nhất;
Mặc dù chi phí y tế được thanh toán theo phí dịch vụ, nhưng người cung ứng dịch vụ không được thỏa mãn bởi trần thanh toán bằng 90% quỹ khám chữa bệnh. Trần thấp, do mức phí BHYT thấp dẫn tới sựgiới hạn quyền lợi của người tham gia BHYT;
Hơn nữa, khung giá viện phí không được cập nhật kịp thời, ảnh hưởng tới quyền lợi của người bệnh và khả năng phục hồi chi phí của bệnh viện. Trần thanh tóan đối với các nhóm đối tượng không ưu tiên khi sử dụng các dịch vụ kỹ thuật cao có thể làm cho người bệnh BHYT thuộc các nhóm này không có khả năng tiếp cận dịch vụ y tế.
Loại bỏ cùng chi trả theo điều lệ BHYT hiện hành chưa đi kèm với các giải pháp khống chế chi phí (cost containment) là một trong các yếu tố dẫn tới
tình trạng gia tăng chi phí y tế quá nhanh trong cuối năm 2005 và năm
2006;
Quyền lợi BHYT: Gói quyền lợi BHYT theo quy định hiện hành là toàn diện; Tuy vậy, khả năng tiếp cận dịch vụ y tế tại các vùng nông thôn, miền núi là hạn chế, do chất lượng dịch vụ y tế tại tuyến xã chưa cao, trong khi tiếp cận với y tế tuyến trên khó khăn về mặt địa lý. Quy định trần thanh tóan (dù là thanh tóan theo phí dịch vụ hay theo định suất) theo các văn bản hiện hành trong bối cảnh mức phí BHYT thấp khiến cho các cơ sở cung ứng dịch vụy tế không thể thực hiện đầy đủ quyền lợi của người tham gia BHYT;
Mặt khác, các chính sách về sử dụng nguồn thu viện phí, thu BHYT, quản lý thuốc và giá thuốc, về tự chủ bệnh viện có tác động không tích cực đối với bệnh nhân BHYT và quỹ BHYT.
Giới hạn quyền lợi trong sử dụng dịch vụ y tế kỹ thuật cao chi phí lớn đối
với nhóm bệnh nhân không ưu tiên tạo ra nghịch lý quỹ BHYT không bảo hiểm cho người bệnh khi họ cần tới bảo hiểm nhất.