Từ khi có NĐ63/2005/NĐ-CP mở rộng quyền lợi của người tham gia BHYT, nhất là nếu phát hiện bệnh nặng thì chuyển lên tuyến trên để được điều trị với mức trợ giúp cao nhất; nhưng thực tế thì việc chuyển tuyến rất khó xảy ra. Tại sao các cơ sở y tế, trung tâm y tế lại không thực hiện nghiêm túc việc này trong khi tính mạng người bệnh BHYT có thể bị đe dọa? Do quy định chi phí khám chữa bệnh đa tuyến hay chuyển tuyến sẽ được khấu trừ vào quỹ khám chữa bệnh của cơ sở có bệnh nhân đăng ký khám chữa bệnh ban đầu nên đã dẫn đến hiện tượng một số bệnh viện không muốn nhận hợp đồng khám chữa bệnh ban đầu (vì lo thiếu quỹ do chi quá cao và không được kiểm soát ở các bệnh viện tuyến trên) hoặc gây khó khăn trong việc chuyển tuyến điều trị. Vì vậy, chất lượng cung cấp dịch vụ y tế của cơ sở y tế còn kém do sự phối hợp, quản lý của cơ quan Bảo hiểm xã hội với các cơ sở y tế còn nặng về khía cạnh tài chính, chưa chú trọng và quan tâm đến chất lượng và điều kiện phục vụ của bệnh viện.
Nhìn chung lại thì hiện nay, khả năng thanh toán viện phí của người bệnh nói chung và khả năng thanh toán của quỹ BHYT từ đóng góp bằng tiền lương của người lao động hiện nay không thể chi trả các dịch vụ y tế dựa trên cơ sở tính đúng tính đủ, đó là chưa kể đến sức ép của quan hệ cung cầu do khả năng cung ứng các dịch vụ y tế còn quá thấp so với nhu cầu khám chữa bệnh của người dân.
Ngay ở các nước công nghiệp phát triển, hệ thống cung cấp dịch vụ y tế được đầu tư đảm bảo luôn cao hơn so với nhu cầu khám chữa bệnh của người dân thì giá dịch vụ y tế cũng chỉ bao gồm những khoản chi phí thường xuyên như điện, nước, vật tư y tế tiêu hao…có nước như CHLB Đức mới tính Tiền lương vào chi phí – mà không tính khoản khấu hao nhà cửa, máy móc vào chi phí. Việc xác định thời điểm đưa loại chi phí nào vào gía là một vấn đề kinh tế – xã hội hết sức quan trọng vì từ đó tác động trực tiếp đến việc nâng giá viện phí mà vẫn phải đảm bảo khả năng chi trả của đại bộ phận dân cư khi ốm đau.
Vấn đề tồn tại khá lớn cần được giải quyết khi nhắc đến dịch vụ y tế trong khám chữa bệnh y tế là thái độ phân biệt đối xử của y, bác sĩ đối với bệnh nhân BHYT; các cơ sở khám chữa bệnh xem việc phục vụ bệnh nhân BHYT là “làm cho” cơ quan Bảo hiểm xã hội, không phải vì hoạt động của chính cơ sở khám chữa bệnh.