Hoạt động BHTG là nhằm bảo vệ quyền lợi của người gửi tiền, góp phần đảm bảo sự duy trì hoạt động lành mạnh trong hệ thống ngân hàng của một quốc gia, thông qua các hoạt động chuyên môn của tổ chức BHTG nhằm thực hiện mục tiêu bảo vệ quyền lợi của người gửi tiền, tổ chức BHTG tập trung vào các hoạt động sau: Cung cấp cho công chúng về hoạt động của các NHTM thông qua hoạt động của mình. Hỗ trợ tài chính cho các tổ chức tham gia BHTG khi gặp khó khăn nhằm duy trì hoạt động có hiệu quả. Chi trả tiền gửi được bảo hiểm cho người gửi tiền trong trường hợp tổ chức nhận tiền gửi mất khả năng thanh toán. Tham gia vào quá trình thanh lý tài sản sau khi chi trả, nhằm bảo vệ quyền lợi cho người gửi tiền chưa được thanh toán hết số tiền gửi vượt mức chi trả ban đầu, duy trì quỹ BHTG để bảo vệ người gửi tiền tại tổ chức tham gia BHTG khác.
Như vậy về thực chất, tổ chức BHTG là cầu nối cho các NHTM mất khả năng thanh toán tiếp tục thực hiện chức năng thanh toán cho người gửi tiền. Qua đó chúng ta thấy rằng việc duy trì niềm tin của các ngân hàng đang hoạt động đối với công chúng là hết sức quan trọng, việc chi trả tiền gửi được bảo hiểm tạo nên sự ổn định tránh sự đổ vỡ dây chuyền, trong đó sự bảo đảm can thiệp kịp thời và có hiệu quả của tổ chức BHTG.
Ngoài ra nhằm góp phần duy trì tính ổn định của hệ thống ngân hàng, tổ chức BHTG còn thực hiện chức năng giám sát và kiểm tra các hoạt động của các NHTM tham gia BHTG nhằm ngăn chặn kịp thời những biểu hiện thiếu lành mạnh và thiếu an toàn trong hoạt động ngân hàng, những hoạt động đó góp phần cho các NHTM tham gia BHTG thực hiện có hiệu quả ba chức năng của mình.