Một bộ phận doanh nghiệp còn khai mức lương thấp để giảm số tiền đóng BHXH; thậm chí có doanh nghiệp chỉ tham gia đóng BHXH cho người lao động theo mức lương tối thiểu. Tình trạng nợ đọng, chậm đóng bảo hiểm xã hội vẫn tồn tại ở không ít các đơn vị sử dụng lao động. Do chế tài xử phạt chưa đủ sức răn đe, hơn nữa về cơ chế Cơ quan BHXH trực tiếp phát hiện ra các sai phạm nhưng thẩm quyền xử phạt không thuộc cơ quan BHXH mà thuộc về Cơ quan thanh tra lao động và Ủy ban nhân dân cấp tỉnh và quận huyện.
Các thủ tục và sự phối hợp giữa các cơ quan để có thể xử phạt được một trường hợp là rất phức tạp, kéo dài nên thực tế số vụ vi phạm nhiều nhưng số được xử lý lại rất ít và rất chậm. Vì vậy, các doanh nghiệp chiếm dụng tiền nộp BHXH vào mục đích kinh doanh mà không bị phạt hoặc sẵn sàng chấp nhận nộp phạt vì mức phạt không cao.
Bên cạnh đó, việc thực hiện Thông tư liên tịch số 03 ngày 18/2/2008 của Bộ LĐTB&XH, Bộ Tài chính và Ngân hàng Nhà nước Việt Nam về thủ tục buộc trích tài khoản tiền gửi của người sử dụng lao động để nộp tiền chưa đóng, chậm đóng và lãi phát sinh được coi là biện pháp mạnh thì cũng khó có thể thực hiện được vì khi đề nghị Ngân hàng trích tiền từ tài khoản thì số tiền của doanh nghiệp gần như không còn.
Phần lớn người lao động trong các doanh nghiệp tư nhân, liên doanh, hợp tác xã còn hạn chế trong việc tìm hiểu pháp luật lao động nói chung và pháp luật về BHXH nói riêng, hiểu không đầy đủ quyền lợi của mình trong quan hệ lao động, đặc biệt chưa thấy rõ được lợi ích của việc tham gia BHXH về lâu dài nên không kiên quyết yêu cầu chủ sử dụng lao động thực hiện nghĩa vụ tham gia BHXH cho mình.
Điều này cho thấy công tác tuyên truyền, phổ biến pháp luật lao động và pháp luật BHXH còn nhiều hạn chế. Bên cạnh đó có một bộ phận lao động tuy có hiểu biết về quy định BHXH nhưng do hoàn cảnh khó khăn nên đã thỏa hiệp với người sử dụng lao động không tham gia BHXH.
Đối tượng và kinh phí chi trả lương hưu, trợ cấp tử tuất do quỹ BHXH đảm bảo tăng khá nhanh: năm 2002 quỹ BHXH đã phải chi trả chế độ lương hưu và trợ cấp tử tuất cho 244.476 người (bình quân 20 người đóng/1 người hưởng BHXH), đến 2006 quỹ BHXH đã phải chi trả cho 596.350 người (bình quân 11 người đóng/1 người hưởng BHXH). Năm 2002, kinh phí chi trả quỹ BHXH mới chiếm khoảng 37,1% tổng quỹ thu được trong năm, đến năm 2006 tỷ lệ này đã là 57%.